En la final llegó una revancha contra Boca luego de la final perdida de 1989. Los xeneizes empezaron ganando en la Bombonera, pero dos goles de Sebastián Rambert, uno para sellar el empate, y otro para triunfar en el partido de vuelta, le alcanzaron para levantar la copa por primera vez. Giusti fue el único titular en la final contra Alemania, mientras que Jorge Burruchaga (recientemente transferido) marcó el gol definitivo, siendo asistido por Maradona. Esta fue la única vez que Independiente le ganó a un equipo de Maradona luego de que el Diez ganara la Copa del Mundo con Argentina. En el partido de vuelta, en el mítico estadio Maracaná de Río de Janeiro, perdió 1-0 con un tanto de Romário, el Balón de Oro de la última Copa del Mundo. En 1996, Javier Zanetti fue el primer jugador con pasado en Independiente en ser nominado al Balón de Oro. Decano del futbol español, a ser el club más antiguo con existencia ininterrumpida de España. Durante sus primeros años de existencia como club inscrito se disputaron partidos benéficos contra equipos de marinos británicos anclados en el puerto de Sevilla. En 1908 el club tuvo a más de 300 miembros en sus filas -ocho equipos y a más de 100 jugadores juveniles-.
Referido como Bernabéu Club de Fútbol (por temas legales los clubes no aparecen con sus verdaderas identidades) aparecen jugadores de la época como el capitán Blueno conocido como «el anulador de cracks» (Fernando Hierro), Robecaro (Roberto Carlos), Callusias (Iker Casillas), Raíl (Raúl González), Luís Fago (Luís Figo) o Gati (Guti) por citar algunos, a los que se unen otros ficticios de la propia serie como Natureza de quien se especula es el «Rey del fútbol», estrella de la selección brasileña, y el eterno rival de Tsubasa Ōzora, quien protagoniza la serie. ↑ «El Lorca renuncia a Segunda B y desaparece». ↑ «El central catalán Estellés llega al Avilés procedente del Cornellá». En la pretemporada de 1997, Independiente venció por 3-0 al Feyenoord holandés en el Estadio José María Minella de Mar del Plata, con goles de Guerrero, Usuriaga y Pepe Albornoz. Y en su boletín oficial con fecha de 6 de octubre de 2020, informa que la presidencia de la SAD le corresponde a Josma Consulting S. L., una de las empresas del grupo de José María Tejero, a través de su Consejero delegado en el club, Julio Scheilch. Una victoria en Avellaneda ante Peñarol en la penúltima fecha lo hubiese colocado en su octava final, pero perdió y dejó pasar otra chance de llegar a una octava final.
En la final jugó contra el Flamengo; ganó 2-0 en la ida, con goles de la Chancha Mazzoni y Cristian Domizi. En los duelos de cuartos empató con Grêmio en Porto Alegre y venció por 2-0 en Avellaneda, para luego eliminar en semifinales por tercera vez consecutiva a otro grande del fútbol brasileño, el Cruzeiro, cayendo primero en Belo Horizonte y goleando por 4-0 en la vuelta con el «Palomo» Albeiro Usuriaga como figura. El término y su uso, se trasladaron al fútbol desde el rugby, y al primero desde el críquet. Tras un contencioso ante el TAS entre las empresas de Raúl Moro y Mauricio García, el Tribunal de Arbitraje Deportivo acuerda que la venta al mexicano es válida y pide su inscripción, algo ratificado posteriormente por el Consejo Superior de Deportes y la Real Federación Española de Fútbol que llega a proponer sanciones al club y a los consejeros por no acatar el Laudo del TAS y llamar Mariachi a Mauricio. Ese mismo año 1999, Pablo Bengoechea llevó el número 108 para el 108° aniversario del Club Atlético Peñarol. En otro viaje a Japón, al año siguiente, los Rojos jugaron la Recopa Sudamericana 1996 contra Grêmio, a partido único en el Estadio Conmemorativo de la Universiada de la ciudad de Kōbe, Japón.